Sua principal função é receber os alimentos parcialmente digeridos do estômago e continuar o processo digestivo. Como o duodeno é pequeno, o estômago envia o quimo (mistura de alimentos semidigeridos e enzimas e ácidos produzidos no estômago) aos poucos para esse órgão. O quimo passa do estômago para o duodeno pelo piloro, pequena abertura entre os dois órgãos.
Essa é uma região rica em enzimas, produzidas por 3 órgãos (o próprio duodeno, o fígado e o pâncreas). Através do canal colédoco, chegam ao duodeno o suco pancreático, oriundo do pâncreas, e o suco biliar, produzido no fígado e expulso pela vesícula biliar, para auxiliarem a digestão.

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