A endoscopia é um procedimento considerado muito seguro no meio médico. As complicações que podem ocorrer durante o procedimento são bastante raras.

Para reduzir ainda mais os riscos raros, é importante a avaliação e acompanhamento pelo médico do paciente, que irá avaliar e orientar como deverá ser a preparação para o exame.

Quando a endoscopia tem como indicação a remoção de pólipos ou a retirada de tecido para biópsia, pode ocorrer um sangramento não significativo após o exame. O risco de perfuração ou lesão na parede dos órgãos e de infecções após o procedimento – em função da migração de bactérias para o local – também é muito pequeno.