Existe uma grande lista de patologias que podem ser diagnosticadas e tratadas por um médico da área de Cirurgia do Aparelho Digestivo, mas entre as mais conhecidas estão as gastrites, úlceras, colites, pancreatites e esofagites. Pacientes com problemas ou transtornos de digestão também podem pedir orientação médica desses profissionais.

Médicos dessa especialidade também podem avaliar e indicar cirurgias quando necessário. Entre elas estão as cirurgias para retirada de vesícula e tratamentos de hérnias umbilicais, epigástricas e inguinais.